Bioinformatik & Biostatistik

Bioinformatik und Biostatistik nimmt in der heutigen Zeit einen immer größeren Stellenwert ein. Unsere Arbeitsgruppe konzentriert sich auf die Entwicklung von Applikationen, welche translationale Forschung erleichtern. Ein Beispiel ist ViBiBa eine open source Plattform, welche multicenter Studien ohne zentrales Samplemanagement darin unterstützt einen Überblick über die vorhandenen Proben zu bekommen.

Lehre

Wir veranstalten die Wahlfachreihe „Cancer Informatics“.

Cancer Informatics: Basiskurs

Das Wahlfach vermittelt Grundkenntnisse der Bioinformatik. Unser anfängerorientierte Kurs lehrt dabei die Grundlagen der Programmiersprache „R“ und zeigt, wie man praktische Aufgaben damit erledigt.
Ein besonderer Fokus liegt auf der Verarbeitung von Forschungsdaten aus onkologischen (Doktor-)Arbeiten. Die allermeisten Fähigkeiten sind dabei auch auf andere Bereiche der Bioinformatik übertragbar.

Ziele sind unter anderem:

• Grundlegender Umgang mit Dateien und Erstellung von Diagrammen
• Auswertung genetischer Daten (Next Generation Sequencing)
• Allgemeine Teststatistik, Survival Analysen, Clusteranalysen
• Data Mining (TCGA, cBioPortal)
• Typische Probleme bei der Auswertung von Daten für die Abschluss-/Doktorarbeit

Das Wahlfach bereitet die Studierenden dabei nicht nur auf „typische“ Abschluss-/Doktorarbeiten vor, sondern zeigt, wie man bioinformatische Elemente innerhalb einer medizinischen/biologischen Abschluss-/Doktorarbeit meistern kann.

Die vermittelten Skills sind jedoch auch die Grundlage für die Auswertung jeder anderen Abschluss-/Doktorarbeit.

Während des Kurses werden Vorlesungen, Praktika („Code Along“) und E-Learning Inhalte kombiniert. Dabei kommen auch Plattformen wie DataCamp zum Einsatz.

Die Anmeldung erfolg über das HIS-LSF Portal der HHU, alternativ können Sie sich gerne per E-Mail anmelden.

Cancer Informatics: Fortgeschrittenenkurs

Der Kurs befindet sich momentan im Aufbau. Eine vorherige Teilnahme am Basiskurs ist erforderlich.

Interessierte können sich vorab per Mail registrieren.

Aktuelle Publikationen

Asperger H., Cieslik J.-P., Alberter B., Köstler C., Polzer B., Müller V., ..., Fehm T. & Neubauer H. (2021). ViBiBa: Virtual BioBanking for the DETECT multicenter trial program-decentralized storage and processing. Translational Oncology, 14(8), 101132. doi.org/10.1016/j.tranon.2021.101132