Das Zentrum für Seltene Erkankungen Düsseldorf setzt sich aus mehreren Fachzentren für eine spezifische seltene Krankheit/Krankheitsgruppe zusammen. Diese sind das:

• Zentrum für angeborene Stoffwechselerkrankungen und mitochondriale Erkrankungen 
• Zentrum für kongenitalen Hyperinsulinismus, angeborene Hypoglykämieerkrankungen und seltene Diabetesformen (ZHHD)
• Klinische Genommedizin/Zentrum für syndromale Erkrankungen und angeborene Fehlbildungen
• Zentrum für seltene genitale Erkrankungen und Tumore
• Zentrum für seltene Erkrankungen der Haut
• Zentrum für seltene neurologische Erkrankungen
• Zentrum für angeborene Stoffwechselkrankheiten im Erwachsenenalter
• Zentrum für angeborene und cholestatische Lebererkrankungen
• Zentrum für seltene Erkrankungen des Bewegungsapparats
• Zentrum für seltene Erkrankungen der Hornhaut und der Augenoberfläche
• Zentrum für Kollagenosen
• Zentrum für seltene neurochirurgische Erkrankungen
• Zentrum für Tumorsuszeptibilität im Kindesalter (ZTSK)
• Zentrum für pädiatrische Rheumatologie und Autoinflammation (ZEPRAT)
• Zentrum für angeborene Störungen des Knochenmarks und der Blutbildung (ZKMBB)
• Zentrum für angeborene Störungen des Immunsystems (ZASI)