- Zentrum für angeborene Stoffwechselerkrankungen und mitochondriale Erkrankungen
- Zentrum für kongenitalen Hyperinsulinismus, angeborene Hypoglykämieerkrankungen und seltene Diabetesformen (ZHHD)
- Klinische Genommedizin/Zentrum für syndromale Erkrankungen und angeborene Fehlbildungen
- Zentrum für seltene genitale Erkrankungen und Tumore
- Zentrum für seltene Erkrankungen der Haut
- Zentrum für seltene neurologische Erkrankungen
- Zentrum für angeborene Stoffwechselkrankheiten im Erwachsenenalter
- Zentrum für angeborene und cholestatische Lebererkrankungen
- Zentrum für seltene Erkrankungen des Bewegungsapparates
- Zentrum für seltene Hornhaut- und Augenerkrankungen
- Zentrum für Kollagenosen
- Zentrum für seltene neurochirurgische Erkrankungen
- Zentrum für Tumorsuszeptibilität im Kindesalter (ZTSK)
- Zentrum für pädiatrische Rheumatologie und Autoinflammation (ZEPRAT)
- Zentrum für angeborene Störungen des Knochenmarks und der Blutbildung (ZKMBB)
- Zentrum für angeborene Störungen des Immunsystems (ZASI)
- Zentrum für seltene hereditäre Gefäßerkrankungen (ZSHG)
- Zentrum für seltene Erkrankungen der Zahnhartsubstanz
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